Введение. Необходимость установления особенностей и закономерностей распространения заболеваемости COVID-19 требует продолжения исследований по формализации и пространственно-временному моделированию распространения инфекционного процесса. В статье рассматриваются вопросы определения факторов неинфекционной природы, модифицирующих течение эпидемического процесса, вызванного коронавирусом COVID-19, для обоснования системных решений в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения регионов Российской Федерации. Материалы и методы. Исследование строилось на основе анализа закономерностей региональной дифференциации параметров математических моделей, отражающих ход эпидемического процесса в регионах Российской Федерации, в зависимости от модифицирующих факторов неинфекционной природы, полученных в результате моделирования динамики на примере распространения дельта-штамма вируса SARS-CoV-2. В качестве модифицирующих факторов выступали противоэпидемические мероприятия, санитарно-эпидемиологические, социально-демографические, экономические, погодно-климатические условия, показатели системы здравоохранения и образа жизни населения всех регионов Российской Федерации за 2020–2021 гг. Моделирование динамики эпидемического процесса выполняли с применением классической SIR-модели. Исследование зависимостей между параметрами модели эпидемического процесса с модифицирующими его региональными условиями проводили методами корреляционно-регрессионного анализа. Результаты. По результатам моделирования определены приоритетные факторы риска, достоверно (p < 0,05) модифицирующие процессы распространения COVID-19 и объясняющие региональные различия в показателях интенсивности инфицирования, выздоровления и летальности. Установлено, что среди противоэпидемических мероприятий наибольшее достоверное положительное влияние на снижение индекса репродукции вируса (R0) оказывает охват вакцинацией населения, особенно в возрастной группе 31–40 лет (r = –0,37). Повышение среднемесячных дневных температур в осенне-зимний период и в целом за год способствует увеличению скорости перехода восприимчивых лиц в категорию инфицированных (r = 0,21–0,22). Увеличение уровня солнечной инсоляции в течение года и особенно в летние месяцы обусловливает снижение скорости перехода восприимчивых лиц в категорию инфицированных: от r = –0,02 до r = –0,23. Из группы санитарно-эпидемиологических показателей достоверно усиливают скорость инфицирования ненормативные условия труда (физические факторы), качество атмосферного воздуха населённых мест по химическому и шумовому факторам (r = 0,29–0,24). На территориях со сравнительно более высоким потреблением алкогольной продукции удлиняется время выздоровления заболевших (r = –0,32). Ограничения исследования. К ограничениям исследования относятся: моделирование эпидемического процесса с использованием стандартной SIR-модели; ограниченный набор показателей и период. Заключение. Наблюдаемая региональная дифференциация в развитии отдельных стадий эпидемического процесса распространения дельта-штамма COVID-19 обусловлена сложным взаимодействием и влиянием модифицирующих факторов, формирующих определённую многоуровневую и многокомпонентную систему, обладающую свойствами трансформировать течение эпидемического процесса, потенцируя или замедляя его.