Исследования с применением современных молекулярно-генетических методов, направленных на выявление индивидуальной генетической вариабельности в контексте развития аллергопатологии, представляются важным этапом реализации программ по раннему выявлению и минимизации риска формирования аллергии. Выявлены особенности иммунной регуляции, ассоциированные с полиморфизмом гена MMP9 Q279R (rs17576) и контаминацией биосред бензолом, у детей с аллергическими заболеваниями. Обследованы 33 ребенка с аллергопатологией. Группу сравнения составили 40 относительно здоровых детей. CD-маркеры определялись методом проточной цитометрии. Генотипирование проводили методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. Результаты исследования показали, что на фоне повышенного уровня контаминации биосред бензолом наблюдается избыточное содержание IgE общего, IL-4 и TNF-a (в 1,2–4,2 раза) в группе детей с аллергопатологией относительно группы сравнения (р = 0,006–0,03). Полиморфизм гена MMP9 Q279R у детей группы наблюдения отличался достоверным повышением частоты генотипов GG AG в 1,7 раза относительно соответствующих данных группы сравнения, что позволяет рассматривать аллель G гена MMP9 в качестве маркера чувствительности у детей с аллергопатологией (OR = 2,34; 95 % CI = 1,17–4,65). Установлено возрастание IgE общего в 2,8 раза, повышение экспрессии IL-4 и TNF-a в 1,4 и 1,3 раза соответственно у носителей вариантного аллеля G относительно обладателей гомозиготного генотипа AA в группе детей с аллергопатологией (р = 0,020–0,042). Логистический регрессионный анализ выявил адекватность доминантной модели (p = 0,01) и показал возможную ассоциацию носительства генотипов AG и GG Q279R полиморфизма гена MMP9 с развитием аллергии (OR = 3,61; 95 % CI = 1,34–9,71). Риск формирования аллергии, сопряженной с контаминацией биосред бензолом и полиморфизмом гена матриксной металлопротеиназы MMP9 (rs17576), у обладателей аллеля G увеличивается в 2,1 раза по сравнению с носителями АА-генотипа (RR = 2,08; 95 % CI = 1,13–3,83), что позволяет рассматривать аллель G гена MMP9 Q279R в качестве маркера чувствительности у детей с аллергопатологией.