Введение. Современный образовательный процесс характеризуется увеличением учебной нагрузки, использованием методических пособий, не предусмотренных нормативно-методическими документами. Нарушение гигиенических принципов организации обучения детей в школе является основой развития соматической патологии. Материал и методы. Предмет исследования – организация образовательного процесса первого, второго и третьего уровней образования в школе с углублённым изучением предметов физико-математического цикла (СОШ ФМЦ) и типовой СОШ. Анкета содержала вопросы для оценки образовательного процесса по факторам «Сложность», «Время», «Дополнительная нагрузка». Проведена сравнительная оценка соответствия режима учебного процесса в СОШ ФМЦ и СОШ требованиям СанПиН 2.4.2.2821–10. Результаты. В СОШ ФМЦ индекс интенсивности нагрузки по фактору «Сложность» в 1,8 раза, а доля учащихся с высокой интенсивностью образовательного процесса по фактору «Время» в 3 раза превышала показатель СОШ. Каждый четвёртый школьник профильных классов посещал 2-3 учреждения дополнительного образования. Дефицит площадей учебных кабинетов достигал 32%. Установлены нарушения в организации перемен и перерывов между сменами, в распределении нагрузки в течение недели. Общий объём недельной образовательной нагрузки на первом уровне образования превышал нормативные значения на 20%. Суммарная недельная нагрузка при обучении на втором-третьем уровне образования в СОШ ФМЦ превышала в 1,3–1,4 раза показатели СОШ. При внедрении новых специализированных программ фактическая организация учебного процесса не соответствует санитарным требованиям, что может привести к переутомлению, развитию глубоких и стойких изменений в организме школьников. Выводы. В школе с углублённым изучением предметов образовательный процесс носит более напряжённый характер. В рамках контрольно-надзорной деятельности в общеобразовательных организациях инновационного типа необходимо уделять особое внимание выполнению требований Х раздела СанПиН 2.4.2.2821–10.