Целью исследования явился генетический анализ качества продуктов питания российского происхождения на присутствие генетически модифицированных компонентов, преимущественно сои, с установлением оптимального перечня генетических модификаторов колбасной продукции и соевых продуктов для задач мониторирования незаявленных генно-модифицированных организмов (ГМО) и обеспечения биологической безопасности пищи. Методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени выполнен анализ ряда пищевых продуктов (колбасы, соевые продукты) на содержание комплекса генетически модифицированных организмов. Проведена идентификация генов ГМО: промоторов (p35SCaMV, P-SSuAra, Ubi1, ract1, hsp70, промотора TA29 табака), терминаторов (nos3, T-E9, T-g7, T-OCS), репортерных генов (nptll, qHptFP308, bar, pat_10-P), биопестицидов Bacillus Thuringensis (Bt) или Cry-токсинов (Cry1Ab/Ac), репортерного гена β-глюкуронидазы (GUS-ген). Анализ ряда образцов колбас позволил идентифицировать гены ГМО – Cry1Ab/Ac, P-FMV, P-nos, bar, gus_9-P, Т-nos3, nptii, P-TA29, T-E9, T-g7, T-OCS. Проведенное исследование продуктов питания выявило наличие ГМО в 56 % анализируемых образцов колбасной продукции. При этом к особенностям генетической модификации анализируемой пищевой продукции следует отнести комплекс идентифицированных генов: гены промотора P-FMV, терминаторов (nos3, T-g7, T-OCS), эндотоксина Cry1Ab/Ac, репортера bar генно-модифицированных организмов. Рекомендованы к использованию в качестве маркерных генов контроля безопасности пищевых продуктов по критерию содержания ГМО кандидатные гены содержания ГМ-сырья в пищевой продукции Cry1Ab/Ac, P-FMV, P-nos, bar, gus_9-P, Т-nos3, nptii, P-TA29, T-E9, T-g7, T-OCS, свидетельствующие о произведенных генетических модификациях.